在生命科学领域，科学家们一直梦想能够“透视”生物体的深层结构，观察细胞与组织的精细连接。组织透明化技术的诞生，让这一梦想照进现实。 一、什么是组织透明化？ 组织透明化（Tissue Clearing）是一种通过化学或物理方法去除生物组织中脂质、色素等吸光/散射物质，使其变得透明，从而实现对深层结构高分辨率三维成像的技术。简单来说，就是让不透明的组织变得像玻璃一样透明，让显微镜下的观察不再受限于切片厚度和位置。 来源文章：   二、组织透明化的原理 传统组织学研究依赖切片技术，但切片会破坏三维结构，且难以观察长距离神经连接或血管网络。组织透明化技术通过以下步骤突破这一局限： 固定组织：保持细胞结构完整。 脱脂处理：使用溶剂去除脂质（如脑组织中的髓鞘）。 折射率匹配：用特殊试剂（如水凝胶或有机溶剂）填充组织间隙，减少光散射。 荧光保存：优化处理流程以保留荧光蛋白信号，支持标记特定细胞或分子。 三、组织透明化的应用领域 这项技术为多学科研究提供了全新视角，以下是其核心应用场景：1. 神经科学：绘制“大脑...

流式细胞仪，是一种用于细胞分析的先进技术，能够实现细胞计数、表型分析、细胞周期检测以及细胞生存能力评估等功能。在流式细胞仪中，激光器发出的光照射到样品中的细胞时会被散射，这些散射光随后被检测器捕捉并转化为可供进一步分析和测量的信号。流式细胞仪工作原理？ 一个细胞仪会包含一个激光器、一个检测器和一个流体系统，确保细胞快速流过激光束。流式细胞仪的三个主要输出测量是正向散射、侧向散射和荧光信号。激光的可见光从每个细胞上反射，提供了细胞的一般大小和形状特征 正向散射FSC：指示细胞的大小正向散射（FSC）是沿激光传播方向产生的散射光，它能够反映细胞的大小。这种散射光是沿着激光路径进行测量的。当激光穿过细胞时，光线会在细胞两侧发生弯曲并产生衍射。因此，FSC的强度与细胞的直径密切相关，可以用来指示细胞的大小。 侧向散射SSC：指示细胞的颗粒度 侧向散射（SSC）是在与激光束呈90度角的位置测量的散射光，它能够反映细胞的颗粒度或内部复杂性。细胞内的结构会改变进入细胞的光波方向，使得细胞内的特定结构（例如颗...

Ct值是怎么产生的？ 在qPCR实验中，Ct值（Cycle Threshold，循环阈值）是指荧光信号达到仪器设定阈值时所经历的循环数。首先我们要知道qPCR本质也是DNA扩增的实验，只是仪器会在扩增的过程中，一边扩增一边记录产物产生的荧光信号。 具体地说，qPCR反应开始后，随着PCR循环的进行，目标DNA会不断扩增，荧光信号也会对应地逐渐增强。仪器在开始时会设定一个阈值，实时监测荧光信号的变化，并设定一个阈值。当荧光信号首次超过这个阈值时，仪器记录下此时的DNA扩增经历的循环次数，就是Ct值。   Ct值的数值含义是什么？ Ct值与样本中目标基因的起始拷贝数呈负相关关系。 Ct值越小：说明样本中目标基因的DNA起始量越多，因为荧光信号用很少的扩增循环数很快就能达到阈值。 Ct值越大：说明样本中目标基因的DNA起始量越少，需要更多扩增循环才能使荧光信号达到阈值。   两个样本同一个基因的孔的Ct值相差1代表什么？   我们来举例说明 假设有两个不同的样本需要检测基因GAPDH的表达 样本1测到的Ct值是15 样本2测...

相信大家刚开始进入科研界，都会有一样的挣扎，突然开始需要大量查阅英文文献资料，感觉无从下手，面对一堆英文没有头绪。 其实99%的新手主要碰上的就是这3个问题：1、 实验经验不足。文献一开始看不明白其实一般不是英语不好，而是科研能力不够，实验做得不够多，看不明白作者为什么会展示这样的结果。 2、 文献写作套路不熟悉。不清楚自己需要的信息应该在哪里获取。 3、 科研经验不足，知识储备不够，对文献的描述不熟悉。 那我们一开始又应该怎么看文献呢！新手来说还是比较推荐一开始要精读几篇文章！ 1、 熟悉背景知识：不要一开始什么都不懂就去看英文文献，会让一切变得更加难懂。因为成熟期刊的research并不会深入浅出地介绍研究背景，很多时候是一笔带过。英文水平比较好，习惯看英文的话可以从英文的review开始看。但是对大部分新手来说，先从中文开始了解背景更好。 先看一下标题、摘要、introduction看是什么主题。如果发现云里雾里也不要紧，用笔画一下不懂地方。然后先在中文网站查询相关概念，先用熟悉的语言了解基础知识是非常有必要的。 这里强烈推荐...

在细胞培养过程中，培养基的颜色变化是一个常见的现象。这种变化不仅反映了培养基的化学状态，还可能预示着细胞生长环境的变化。那么，细胞培养基颜色为什么会变化呢？1. 培养基中的酚红因ph变化发生颜色变化 培养基中的酚红是一种常用的pH指示剂，它在不同的pH值下会呈现不同的颜色。当培养基的pH值发生变化时，酚红的颜色也会随之改变。例如，酸性条件下酚红呈黄色，碱性条件下则呈红色。因此，培养基颜色的变化往往与pH值的波动密切相关。 培养基颜色随ph变化而变化 左图为与空气接触时间过长，pH升高后颜色；右图为正常培养基颜色2. 细胞代谢产物的积累 细胞在生长过程中会不断代谢营养物质，并产生代谢产物。这些代谢产物可能会改变培养基的化学成分，进而影响其颜色。例如，乳酸的代谢性积累会使培养基pH值不断下降，导致酚红由红变黄。 3. 光照和温度的影响 光照和温度也是影响培养基颜色的重要因素。 长时间暴露在光照下，培养基中的某些成分可能会发生光化学反应，导致颜色变化。此外，温度的变化也会影响培养基中化学反应的速率，从而影响颜色。 4. 污...

在细胞实验研究中，CCK-8（Cell Counting Kit-8）是一种常用的细胞增殖和毒性检测试剂。然而，许多研究人员在使用CCK-8时，可能会遇到显微镜下细胞生长趋势与测得的OD值不一致的情况。这种现象不仅令人困惑，还可能影响实验结果的准确性。   显微镜下细胞生长趋势与OD值不一致的可能原因 ① 实验操作实验操作中的误差是导致显微镜下细胞生长趋势与OD值不一致的常见原因之一。例如，CCK-8试剂的添加量、孵育时间、混匀程度等操作步骤的不规范，都可能影响OD值的准确性。此外，细胞接种密度不均匀也会导致不同孔之间的OD值差异较大。 ② 培养基和培养条件因素培养基的成分和培养条件对细胞的生长和代谢有重要影响。如果培养基中的营养物质不足或存在抑制细胞生长的成分，可能会导致细胞生长受限，从而影响OD值的测定。此外，培养箱的温度、湿度和CO2浓度不稳定，也可能导致细胞生长状态不一致，进而影响OD值的准确性。 ③ 细胞状态和药物影响细胞的状态和药物的处理也是影响OD值的重要因素。例如，细胞在传代过程中可能出现老化或损伤...

流式细胞仪作为细胞分析的核心工具，其运行稳定性直接影响实验成败。当仪器无法正常吸取细胞时，不仅会延误实验进度，还可能因反复排查消耗大量样本。本文将系统解析吸样失败的常见原因及解决方案。一、样本问题 1. 细胞悬液浓度异常 a. 问题：细胞浓度过低吸样时负压不足，导致仪器反复“空吸”或触发报警。或过高细胞黏连成片，引发管路黏滞性堵塞。 ¡ 隐藏风险：某些凋亡细胞或碎片即使浓度达标，仍可能因黏附性增强引发堵塞。 b. 解决：调整浓度，必要时用PBS稀释或离心浓缩。   2. 细胞团块或杂质堵塞 a. 问题： ¡ 机械损伤：移液操作过于剧烈导致细胞破裂，释放DNA形成网状团块。 ¡ 死亡细胞聚集：长时间静置样本中死细胞相互黏附。 b. 解决：使用细胞滤网过滤样本，常规用40 μm尼龙滤网；处理原代细胞或脆弱细胞时，可选用70 μm滤网减少剪切力。细胞离心后轻柔重悬，避免剧烈震荡。  细胞滤网3. 样本管适配性差 a. 问题：非专用管（如EP管）规格不匹配，导致吸样针无法有效接触管底残留样本。 b. 解决：更...

#蛋白数据库 #生信数据库 有没有遇到这样的情况，看到一个感兴趣的蛋白，想知道它在哪些细胞和组织中表达。 除了在文献库检索一篇篇地看文献，还可以利用数据库检索！！ 给大家介绍一个很好用的蛋白数据库：THE HUMAN PROTEIN ATLAS。不需要注册就可以直接使用。 打开网页我们可以马上看到搜索栏，直接输入感兴趣的蛋白名称，我们以PD-L1为例，进行检索。注意有的蛋白名字很多，它不一定会显示你最初输入的那一个名字，如这里，显示的就是PD-L1的另一个名字CD274。可以看到有的格子上面有绿色的半圆或者完整的圆形，圆形越完整，代表这个数据可信度越高。最可信是完整的圆形（enhanced），其次是3/4（supported）,1/2(approved),1/4(uncertain)。 我们直接点击CD274进入详情页面，就可以看到很多详细的信息。首先网页默认进入summary的界面，我们可以看到CD274的基本情况，可以找到我们一开始输入的PD-L1是它的一个别名。 下面几个灰色的框可以查看基本情况。例如：Tissue profile可以看到PD-L1在组织的概况，主要在免疫细胞亚...

在生物化学与分子生物学研究中，Western Blotting（WB）技术作为研究蛋白质表达的关键手段，其步骤的精确性和试剂的选择对实验结果至关重要。传统的WB实验中，甲醇在转膜步骤中扮演着重要角色，尤其是用于PVDF膜的激活。然而，甲醇的使用也伴随着一系列局限性和健康风险。 WB实验流程图   ①PVDF膜为什么要用甲醇激活？ PVDF（偏聚氟乙烯）膜因其优良的机械强度和蛋白质结合能力，在WB实验中广泛应用。然而，原始的PVDF膜是高度疏水的，不利于蛋白质在其表面的吸附和转移。甲醇激活PVDF膜的过程主要通过以下几个机制发挥作用： ‌去除生产残留物与污染物‌：甲醇能有效去除PVDF膜表面的生产残留物和储存相关的污染物，这些残留物可能会干扰蛋白质的有效转移和检测。‌增加膜的亲水性‌：甲醇处理可以改变PVDF膜的表面特性，使其从疏水变为亲水。亲水性的增加有助于膜更好地吸附水基介质中的蛋白质，提高转膜效率。‌去除SDS并改善蛋白质结合‌：SDS-PAGE电泳过程中，蛋白质表面包裹SD...

当我们处理完qpcr数据，该怎么作图呈现结果呢？假设我们有一组模拟数据，是计算好的表达差异数值……